Přepravu pacienta i případně jeho doprovodu musí indikovat lékař na základě aktuálního zdravotního stavu pacienta.

Kdo vyplní Příkaz
Příkaz pro cestu ke smluvnímu poskytovateli, kde má být pojištěnci poskytnuta zdravotní péče, vyplňuje odesílající lékař, který poskytnutí této péče požaduje.
Příkaz pro cestu zpět vyplňuje lékař, který zdravotní péči poskytl, opět po zhodnocení, zda je zdravotní transport ze zdravotních důvodů nutný (po ošetření nebo po pobytu v nemocnici být nutný nemusí).
U plánovaného kontrolního vyšetření vypisuje Příkaz ke zdravotnímu transportu ošetřující lékař poskytovatele, který o kontrole rozhodl. Může ale nastat situace, kdy tento lékař Příkaz z objektivních důvodů nevystaví – např. pacient je pozván na kontrolu až za delší časové období, takže nelze vyloučit změnu zdravotního stavu a tím i indikace k přepravě. V takovém případě by se pak pacient měl obrátit na svého praktického lékaře, který posoudí jeho aktuální zdravotní stav, a je-li přeprava ze zdravotních důvodů indikovaná, vystaví mu Příkaz ke zdravotnímu transportu. Příkaz pro cestu zpět však již vyplňuje lékař, který zdravotní péči poskytl (opět pokud je ze zdravotních důvodů indikován transport pacienta zpátky do místa pobytu).

Na indikaci přepravy onkologických pacientů se dohodli zástupci Sdružení praktických lékařů ČR, České onkologické společnosti a radioterapeutů. Zápis z jednání je k dispozici všem lékařům na stánkách příslušných odborných společností.

Pomoc při transportu zajistí posádka
Lékař může také indikovat přepravu doprovodu pacienta – na formuláři Příkazu ke zdravotnímu transportu však musí slovně uvést důvod. Doprovodem se rozumí doprovázející osoba, která není členem posádky vozidla a jejíž přítomnost je s ohledem na zdravotní stav pacienta nutná pro následné ošetření a vyšetření, zejména kvůli potřebě poskytnutí informací (pokud informace nelze zajistit jinak – např. lékařskou zprávou).
Pokud zdravotní stav pacienta pouze vyžaduje pomoc při přepravě, je to plně v kompetenci posádky dopravní služby. Lékař v tomto případě doprovod neindikuje, jen zaškrtne v Pokynech pro posádku políčko „Dvouposádka“. Odborný dohled a dopomoc včetně předání u poskytovatele zdravotních služeb pak zajišťuje druhý člen posádky v rozsahu své kvalifikace.